Структура
Административные подразделения
| Дирекция |
| Бухгалтерия |
| Отдел кадров и делопроизводства |
| Специальный отдел |
| Финансово-экономический отдел |
| Хозяйственная служба |
| IT-группа |
Отделы и лаборатории
| Отдел исследования климатических процессов (ОИКП) зав. отд. академик РАН Мохов Игорь Иванович | Лаборатория теории климата (ЛТК) | зав. лаб. академик РАН Мохов Игорь Иванович |
| Лаборатория математической экологии (ЛМЭ) | зав. лаб. д.ф.-м.н. Гинзбург Александр Самуилович | |
| Лаборатория физики верхней атмосферы (ЛФВА) | зав. лаб. д.ф.-м.н. Перцев Николай Николаевич | |
| Лаборатория моделирования атмосферного переноса (ЛМАП) | зав. лаб. чл.-корр. РАН Макоско Александр Аркадьевич | |
| Лаборатория парниковых газов (ЛПГ) | зав. лаб. к.б.н. Казанцев Владимир Сергеевич | |
| Лаборатория прогнозирования климата (ЛПК) | зав. лаб. академик РАН Мохов Игорь Иванович |
| Отдел динамики атмосферы (ОДА) зав. отд. почетный член РАН Голицын Георгий Сергеевич | Радиоакустическая лаборатория (РАЛ) | зав. лаб. д.ф.-м.н. Куличков Сергей Николаевич |
| Лаборатория геофизической гидродинамики (ЛГГ) | зав. лаб. д.ф.-м.н. Чхетиани Отто Гурамович | |
| Лаборатория взаимодействия атмосферы и океана (ЛВА) | зав.лаб. д.ф.-м.н. Репина Ирина Анатольевна | |
| Лаборатория турбулентности и распространения волн (ЛТРВ) | зав. лаб. д.ф.-м.н. Горбунов Михаил Евгеньевич |
| Отдел исследования состава атмосферы (ОИСА) зав. отд. член-корр. РАН Еланский Николай Филиппович | Лаборатория атмосферной спектроскопии (ЛАС) | зав. лаб. д.ф.-м.н. Вигасин Андрей Алексеевич |
| Лаборатория газовых примесей атмосферы (ЛГПА) | зав. лаб. к.ф.-м.н. Моисеенко Константин Борисович | |
| Лаборатория оптики и микрофизики аэрозоля (ЛОМА) | зав. лаб. д.ф.-м.н. Горчаков Геннадий Ильич | |
| Сектор дистанционного исследования состава атмосферы (СДИСА) | зав. лаб. к.ф-м.н. Боровский Александр Николаевич |
Научные станции
| Звенигородская научная станция (ЗНС) |
| Кисловодская высокогорная научная станция (КВНС) |
| Цимлянская научная станция (ЦНС) |